En tant que descendant des shinobi, Jirou Azuma a passé sa vie à apprendre des techniques ninja. Mais en plus il a le don de parler aux animaux. Un jour, il sauve un étrange chat appelé Ragou, il lui apprend que le monde est rempli d'esprits qui peuvent prendre la forme d'un humain ou d'un animal : les Mononoke. Cependant, leur rencontre est interrompue quand ils sont attaqués par un Mononoke hostile qui en a après Ragou et ses pouvoirs.
