Deux ans après le Bloody Monday , Fujimaru Takagi et ses amis sont confrontés à une nouvelle menace, très dangereuse. Cette fois-ci, il ne s'agit pas d'un virus , mais d'un attentat terroriste orchestré par "J". Effectivement, celui-ci ayant été arrêté en Russie , se voit aider par le nouveau hacker prodige de la série, Hornet. Mais Fujimaru tentera d'empécher ce nouvel attentat grâce à l'aide de Maya Orihara et d'Otoya Kujo... Toutefois, de nombreuses vies seront sacrifiés durant cette folle aventure.
