Akashi Eito a lamentablement échoué à tous les examens d'admission au lycée. Cependant, il reçoit une lettre d'acceptation d'une école à laquelle il ne se souvient pas d'avoir postulé. Il s'inscrit néanmoins avec joie, s'attendant à vivre la vie scolaire idéale. Mais ses attentes sont rapidement anéanties lorsqu'il découvre que cette mystérieuse école est en fait, un institut de formation pour agents secrets.
