Médaka est étudiante en première année au lycée Hakoniwa . En tant que présidente du conseil des élèves, elle a promis d'aider toutes les personnes dans le besoin. Elle décide de mettre en place, une boîte à suggestions dans laquelle les élèves pourront exprimer leurs problèmes en déposant un mot à l'intérieur. Dans sa mission, elle sera vite aidée par son ami d'enfance, Zenkichi Hitoyoshi. Mais cette fameuse boîte va dévoiler des secrets insoupçonnés et des manigances que personne n'aurait pu imaginer...
